Dans AGATE PAIE, une fois le montant de l'indemnité préalablement calculée, dans "Les Eléments" vous devez l'indiquer dans les "Bases spécifiques" :

En effet, contrairement aux éléments de salaires bruts qui sont soumis à hauteur de 98.25% à la CSG-CRDS, l'indemnité de départ en retraite est elle soumise intégralement, c'est pourquoi il faut utiliser une base spécifique, et pas une simple rubrique de brut.